مغولهای بت پرست کاری با عقاید مذهبی اتباع خود نداشتند، و در اوایل چیرگی آنها آزادی کامل مذهبی در ایران برقرار شده بود و ظاهرا کلیسای سورپ سرکیس خوی یادگار همان سالهاست که با استحکام خاص خود قرنها بر جای ایستاده است.
تاریخ بنای کلیسای سورپ سركيس دقیقا روشن نیست. در مدارک ارمنی بنای آن را در سال ۳۳۲ با ۳۳۳ میلادی نوشته اند، روایات شفاهی آنها عمر بنا را هزار سال یعنی از قرن پنجم هجری میداند. بر روی سنگ سرخی در کنار در ورودی، کتیبه ای هست که تاریخ ۱۱۲۰ میلادی (یعنی ۵۱۹ ه.) یا ۱۱۸۰ میلادی (برابر ۵۷۹ه.) بر روی آن خوانده می شود.
دکتر پرویز ورجاوند که مفصل ترین تحقیق را درباره این بنا دارد آن را از اوایل دوره ایلخانان حدس زده است. حدس ایشان را که بر مبنای بررسی شیوه معماری و باستان شناسی بوده، توجه به وضع فکری و اجتماعی آن عصر تأیید می کند. در روایات شفاهی هم ذکر عمر هزار ساله طبعا تقریبی است و باز هم مؤید حدس ایشان و استنباط ماست. ضبط مدارک ارمنی مبنی بر بنای آن در پیش از اسلام هم شاید مربوط به بنای کهن تری بوده که قبلا در محل این بنا وجود داشته و بعد خراب شده و کلیسای سوپ سرکیس را بر جای آن ساخته اند.
در مدارک ارمنی تاریخ آخرین تعمیر اساسی ۱۹۱۹م. (۱۰۲۶ه. و ۱۹۲۰م. ۱۰۳۱ه.) ذکر شده و این مقارن است با صلحی که ابتدا در ۱۰۲۱ در سلماس و بعد در ۱۰۲۹ در استانبول با عثمانیها امضا شده استه.
کلیسای سورپ سركيس خوی
کلیسای سوپ سرکیس ۳۲ متر طول و ۱۸ متر عرض دارد. عرض دیوارهای سنگی آن ۱ / ۲۵ متر است. ارتفاع دیوارها از خارج حدود ۵ متر است ولی چون کف درون کلیسا گودتر از محوطه بیرون آن است، معلوم می شود در طی قرنها سیلهایی که آبرفتهای دامنه های کوه اورین را با خود می آورده، اطراف آن را انباشته است و همین نیز قدمت بنا را می رساند.
در داخل کلیسا کتیبه هایی وجود دارند که بر طبق نوشته های حاصل کاوش های کاوشگران، نوشته ها به درخواست بخشش و رحمت پروردگار برای نیکوکارانی است که اقدام به بنا و بازسازی این کلیسا کرده اند دارد. محراب این کلیسا در زمان استفاده از آن به شکل بسیار زیبایی آراسته می شده است. گنبد و معماری داخلی و خارجی این کلیسا از معماری معابد ایرانی تاثیر گرفته است.
با توجه به قرار گرفتن شهرستان خوی در مسیر جاده ابریشم و داستان ها و حکایت ها از وجود دفینه های بسیار در این شهر، اقدامات کاوشگری غیرمجاز بسیاری در این شهر صورت پذیرفته است و کلیسای سورپ سرکیس نیز از این امر غافل نبوده است. این اقدامات در طول تاریخ موجب تخریب و صدمات زیادی به این بنا شده است. البته در سال های اخیر اداره میراث فرهنگی با همکاری شهرداری خوی، اقدام به بازسازی به شکل آبرومندانه ای کرده است.
کلیسای سورپ سركيس با مهاجرت ارمنی های ساکن در شهر به صورت متروک در آمده بود و اگرچه در سال های اخیر خود تا حدودی به فراموشی مردم منجر شده بود اما امروزه این کلیسا در کنار مناره شمس تبریزی و آرامگاه پوریای ولی از جمله بناها و جاذبه های تاریخی مهم و مورد توجه شهر برای گردشگران از سراسر دنیا تبدیل شده است.
کلیسای سورپ سرکیس در شمال غربی شهر خوی در میدان قمسال و در محله قدیمی امامزاده قرار دارد. این کلیسا هم اکنون یکی از بناهای ثبت شده میراث فرهنگی است و در دل خود گنجینه های بسیاری را حفظ کرده است. کلیسایی با نام مشابه در تهران به نام کلیسای سرکیس مقدس نیز وجود دارد که این موضوع نیز قابل توجه و جالب است.
در خوی 2 کلیسای بزرگ وجود دارد که یکی کلیسای سورپ سرکیس و دیگری کلیسای مهاذان هستند و در اسناد قدیمی به جای مانده هم به این دو کلیسا بسیار اشاره شده است.
